세레나가 뿔카노레이스 연습하는 것으로 이야기가 시작된다. XY001에서 로켓단의 습격을 받아 개구마르의 상태가 안 좋아져서 개구마르를 치료하기 위해 지우 일행이 플라타느 연구소로 달려간다. 연구소에 도착한 지우 일행은 개구마르를 플라타느에게 치료를 부탁한다.
그리고 지우 일행은 플라타느에게 메가진화에 대한 내용을 듣게 된다. 한편 메가진화에 대해 엿듣고 로켓단은 플라타느 연구소로 변장하며 들어간 뒤 한카리아스에게 큐브를 던져서 한카리아스의 목에 링 형태로 걸려서 로켓단이 한카리아스를 가져가려고 했는데 폭주해버린다.
미르시티를 난장판으로 만들어버린 한카리아스를 구하기 위해 지우 일행은 프리즘타워 근처로 달려간다. 지우는 한카리아스를 직접 구해주기 위해 프리즘타워 위로 올라간다. 최상층으로 올라간 지우는 한카리아스를 구출해 내고 갑자기 피카츄가 추락해서 피카츄를 구하기 위해 지우는 피카츄랑 같이 추락한다. 갑자기 빛이 나타나서 추락하고 있는 지우와 피카츄를 구해낸다. 그 빛은 XY001에서 지우가 만난 메가번치코였다.
다음날 아침, 지우 일행은 플라타느 연구소를 떠나려고 할 때 개구마르는 지우의 포켓몬이 된다. 그리고 플라타느에게 포켓몬 도감을 받는다. 한편 세레나는 TV에서 지우의 모습을 보고 낯익은 표정을 하면서 지우에 대한 과거를 회상하고 세레나는 무언가를 결심하는데...