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파동전설이란 이야기가 전해 내려오는 로타마을에서 수백년 전, 세계가 시작하는 나무의 힘으로 싸움을 멈춘 파동의 용사 아론을 기리는 축제가 한창 이었다. 마을에 방문한 지우 일행은 그 해 용사를 정하는 시합에 나가 치열하게 싸운 끝에 멋지게 우승해 파동의 용사가 되어 아론의 지팡이를 상으로 받는다. 그런데 그 때 지팡이의 돌장식이 빛을 내면서 봉인 되었던 루카리오가 봉인에서 풀리게 된다. 지우 일행은 피카츄를 데리고 간 뮤를 찾기 위해 루카리오와 함께 세계가 시작하는 나무를 향해 여행을 떠난다.