포켓몬 배틀은 포켓몬스터 게임 시리즈의 대부분을 차지하는 중요한 요소중 하나다. 포켓몬과의 대결을 통해서 포켓몬이 더 강해지고 게임 목표를 달성할 수 있게 된다.
포켓몬 배틀은 턴제로 진행된다. 플레이어가 야생 포켓몬을 만나거나 다른 트레이너와 마주치게 되면, 화면이 전환되어 전투 장면이 나타난다. 각 트레이너는 여섯 마리까지 포켓몬을 데리고 다니며 전투에 참여시킬 수 있다. 전투가 시작되면 첫 번째 포켓몬이 대결에 나서게 되며 1:1 대결을 연달아 진행한다. 포켓몬의 체력이 0이 되면 기절하여 전투 참여가 불가능해지고, 상대방이 가진 모든 포켓몬을 쓰러트리면 포켓몬 배틀에서 승리한다. 플레이어가 포켓몬 배틀에서 패배하면 소지하고 있는 돈이 줄어들며 마지막으로 들렀던 포켓몬센터로 되돌아간다.
전투중 플레이어의 포켓몬이 상대방 포켓몬을 쓰러트리면 경험치를 받게 되며, 이 경험치가 쌓이면 포켓몬의 레벨이 오르고 능력이 강해진다. 눈에는 보이지 않지만 이때 경험치와 같이 노력치도 받게 된다.